DoutoradoIndependentemente da área, o aluno deve ser aprovado em três disciplinas obrigatórias e em pelo menos três disciplinas optativas.
Na área de Geometria Algébrica, as disciplinas obrigatórias são Geometria Algébrica I, II e III, e a distribuição recomendada de disciplinas, nos quatro primeiros semestres, é a seguinte:
| 1º semestre | 2º semestre | Verão | 3º semestre | 4º semestre |
| Álgebra Comutativa Geometria Algébrica I |
Geometria Algébrica II Disciplina optativa |
Tópicos de Geometria
Algébrica I |
Geometria Algébrica III Disciplina optativa |
Tópicos de Geometria
Algébrica II Seminário de Doutorado I |
Na área de Geometria Diferencial, as disciplinas obrigatórias são Geometria Riemanniana I e II e Análise Geométrica, e a distribuição recomendada de disciplinas, nos quatro primeiros semestres, é a seguinte:
| 1º semestre | 2º semestre | Verão | 3º semestre | 4º semestre |
| Geometria Riemanniana I Sistemas Dinâmicos I |
Geometria Riemanniana II Topologia Algébrica |
Análise Funcional II |
Análise
Geométrica Equações Diferenciais Parciais II |
Tópicos
de Geometria
Diferencial I Seminário de Doutorado I |
Na área de Topologia/Sistemas Dinâmicos, as disciplinas obrigatórias são Topologia Diferencial II, Sistemas Dinâmicos I e Topologia Algébrica ou Teoria Ergódica, e a distribuição recomendada de disciplinas, nos quatro primeiros semestres, é a seguinte:
| 1º semestre | 2º semestre | Verão | 3º semestre | 4º semestre |
| Geometria Riemanniana I Sistemas Dinâmicos I |
Teoria Ergódica I Topologia Algébrica |
Seminário de Doutorado I | Topologia Diferencial II Sistemas Dinâmicos II ou Folheações Reais |
Seminário de Doutorado II Tópicos de Topologia IV ou Tópicos de Sistemas Dinâmicos I |
O aluno deve ser aprovado no Exame de Proficiência em Línguas Estrangeiras, no Estágio Docência e no Exame de Qualificação de Doutorado, bem como ter sua Tese de Doutorado aprovada.
O Exame de Qualificação de Doutorado, cujo programa é submetido à aprovação da Comissão de Pós-Graduação pelo orientador do aluno, deve ser prestado até um ano após o ingresso no curso e abrange duas áreas. A Tese de Doutorado deve conter uma contribuição original e relevante à área na qual o aluno esteja inserido.